Le TDWG
Historiquement connu sous le nom de “Taxonomic Databases Working Group”, ou Groupe de Travail sur les bases de données taxonomiques, l’organisation Biodiversity Information Standards (TDWG) a été créée pour favoriser la collaboration internationale entre les créateurs, gestionnaires et utilisateurs des informations sur la biodiversité, tout en promouvant une diffusion plus large et efficace des connaissances sur le patrimoine biologique mondial.
Pour atteindre ses objectifs, le TDWG :
- Développe, ratifie et promeut des normes et directives pour l’enregistrement et l’échange des données relatives aux organismes.
- Sert de forum pour discuter de tous les aspects de la gestion des informations sur la biodiversité à travers des réunions, des discussions en ligne et des publications.
Le GBIF France est investi dans la communauté TDWG comme peuvent témoigner ces publications dans le journal BISS (publié par Pensoft), à l’occasion des congrès associés:
Quelques publications du GBIF France au TDWG
- Ainsa, A., Pamerlon, S., Archambeau, A., Beauvieux, R., Radji, R., & Chevillotte, H. (2023). Regional Data Platform of West and Central African Herbaria. Biodiversity Information Science and Standards, 7, Art. e112180. https://doi.org/10.3897/biss.7.112180
- Lacoeuilhe, A., Pamerlon, S., Archambeau, A., Denys, G., Bras, Y. L., & Norvez, O. (2023). An Overview of the French eDNA Data Landscape: Focus on a national technical repository of reference genetic sequences. Biodiversity Information Science and Standards, 7, Art. e110103. https://doi.org/10.3897/biss.7.110103
- Pamerlon, S., Archambeau, A., De La Hoz, F. P., Olivier, G., Michel, F., Tercerie, S., Rodinson, E., Maurel, N., Martínez-Sagarra, G., Kerner, A., Lebbe, R. V., Schatz, B., & Dupont, P. (2023). Knowledge Base on Species Life Traits: A Spanish/French Plinian Core implementation use case. Biodiversity Information Science and Standards, 7, Art. e111784. https://doi.org/10.3897/biss.7.111784
- Laroszynska, F., Body, G., Pamerlon, S., & Archambeau, A. (2022). Implementing Nestedness in Darwin Core: An epidemiology case study. Biodiversity Information Science and Standards, 6, Art. e94355. https://doi.org/10.3897/biss.6.94355
- Russell, L. A., Raymond, M., Laursen, M. B., Grant, S., Pamerlon, S., & Bloom, D. (2022). Facilitating the Mobilization and Sharing of Biodiversity Data using a Standard, Open, and Replicable Course Curriculum. Biodiversity Information Science and Standards, 6, Art. e93809. https://doi.org/10.3897/biss.6.93809
- Morin, S., Ainsa, A., Radji, R., Archambeau, A., Chevillotte, H., Chenin, E., & Pamerlon, S. (2021). Connecting West and Central African Herbaria Data: A new Living Atlases regional data platform. Biodiversity Information Science and Standards, 5, Art. e74362. https://doi.org/10.3897/biss.5.74362
- Lecoq, M., Archambeau, A., Figueira, R., Martin, D., Pamerlon, S., Robertson, T., Lebbe, R. V., & Villaverde, C. (2019). The Living Atlases Community of practice. Biodiversity Information Science and Standards, 3, Art. e35779. https://doi.org/10.3897/biss.3.35779
- Pamerlon, S., Archambeau, A., Cavière, F., Robert, S., & Vest, F. (2019). INPN - GBIF Exchanges: Biodiversity data flows at national and international levels. Biodiversity Information Science and Standards, 3, Art. e35779. https://doi.org/10.3897/biss.3.38114
- Archambeau, A., Cavière, F., Koura, K., Lecoq, M., Pamerlon, S., & Ganglo, J. (2018). The Living Atlases community in action: the GBIF Benin data portal. Biodiversity Information Science and Standards, 2, Art. e25488. https://doi.org/10.3897/biss.2.25488
- Lecoq, M., Archambeau, A., Cavière, F., Koura, K., Pamerlon, S., & Ganglo, J. (2018). GBIF Benin’s data portal. Biodiversity Information Science and Standards, 2, Art. e25890. https://doi.org/10.3897/biss.2.25890
- Lebas, N., Akbaraly, M., Archambeau, A.-S., Chenin, É., Gasc, D., Roca Ristol, P., & Vignes-Lebbe, R. (Eds.). (2011). GBIF France links with national programs : Architecture and Roadmap. TDWG 2011 Annual Conference. https://mbgocs.mobot.org/index.php/tdwg/2011/paper/view/158
Le TDWG régit le développement et ratifie plusieurs standards utilisé par le GBIF, le plus connu étant certainement le Darwin Core
Le Darwin Core
Le standard Darwin Core (DwC) offre un cadre stable, simple et flexible pour compiler des données sur la biodiversité provenant de sources variées et hétérogènes. Le Darwin Core est géré par le groupe de maintenance Darwin Core. Il comprend un glossaire de termes destiné à faciliter le partage d’informations sur la biodiversité, en fournissant des identifiants, des labels et des définitions. Darwin Core est principalement axé sur les taxons, leurs occurrences dans la nature, telles que documentées par des observations, des spécimens de collection, des échantillons, et les informations associées. Il vise à assurer la compatibilité avec d’autres normes liées à la biodiversité et à faciliter l’ajout de composants et d’attributs aux données biologiques. Elle joue un rôle essentiel dans le partage, l’utilisation et la réutilisation des données en libre accès sur la biodiversité, représentant aujourd’hui la grande majorité des milliards d’occurrences d’espèces disponibles sur GBIF.org.
En pratique, l’utilisation de Darwin Core repose sur un format de fichier standard, le Darwin Core Archive (DwC-A). Ce format compact (un fichier ZIP) contient des fichiers texte interconnectés, permettant aux éditeurs de données de partager leurs informations avec une terminologie commune. Cette standardisation simplifie non seulement la publication des ensembles de données sur la biodiversité, mais facilite également leur découverte, recherche, évaluation et comparaison par les utilisateurs, répondant ainsi aux questions de recherche et de politique axées sur les données intensives d’aujourd’hui.
Pour son utilisation par le GBIF, le Darwin Core est en constante évolution, par l’ajout par la communauté de champs nécessaires pour retranscrire au mieux leurs données sur la biodiversité à travers des extensions. Plus de détails sur l’utilisation du DwC par le GBIF peuvent être trouvés ici
Les extensions du Darwin Core
En plus du vocabulaire de base du DwC, le TDWG propose deux extensions, le Chronometric Age Extension pour les datations absolues et l’extension Humboldt pour les inventaires écologiques
Si des données transférées au GBIF ne correspondent pas à un champs du Darwin Core ni à une des extensions officielles, l’information peut quand même être transmise grâce à des extensions du DwC. La liste, disponible ici, contient des extensions portant entre autres sur les données génétiques, l’historique d’identification ou encore les noms vernaculaires.