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Data papers

Qu’est-ce qu’un data paper ?

Qu’est-ce qu’un data paper?

Un data paper est un document évalué par les pairs décrivant un jeu de données, publié dans une revue à comité de lecture. La préparation, structuration et description des données demandent du temps et des efforts ; les data papers permettent de reconnaître ces efforts, et les personnes impliquées à chaque étape du processus, au moyen d’un article scientifique.

Les data papers expliqués

Un data paper est un document de métadonnées compréhensible par un être humain, qui décrit un jeu de données ou un groupe de jeux de données, et est publié sous la forme d’un article dans une revue scientifique à comité de lecture.

Contrairement à un article de recherche classique, l’objectif premier d’un data paper est de décrire les données et les circonstances de leur collecte ou acquisition, plutôt que de rapporter des hypothèses scientifiques et leurs conclusions.

Le GBIF travaille depuis des années avec des publications académiques afin de promouvoir le data paper comme moyen d’apporter crédit et reconnaissance à toutes les personnes impliquées dans la publication des données ; d’alerter la communauté scientifique de l’existence de jeux de données sur la biodiversité et de la valeur qu’ils peuvent apporter à des projets de recherche particuliers ; et en tant que mécanisme d’évaluation et de contrôle de la qualité des données accessibles via le GBIF et d’autres réseaux.

Voir la liste de tous les data papers dont les données décrites sont publiées sur le réseau GBIF

Pourquoi publier des data papers?

La création de métadonnées claires et informatives est une étape essentielle afin que les données sur la biodiversité soient découvertes et utilisées pour informer la recherche et les politiques publiques. Cela implique un travail supplémentaire et les éditeurs de données ont besoin d’incitations pour le faire. En l’absence de telles incitations, trop de jeux de données sont publiés avec des métadonnées peu ou mal renseignées.

Les data papers aident à surmonter les obstacles à la création de métadonnées en fournissant une reconnaissance claire de toutes les personnes impliquées dans la collecte, la gestion, la curation et la publication des données sur la biodiversité.

En publiant un data paper, vous pourrez :

  • Être reconnus et crédités par l’indexation et la citation du document publié, de la même manière que pour toute publication académique conventionnelle, ce qui offre des avantages aux auteurs en termes de reconnaissance et de construction de leur carrière
  • Augmenter la visibilité, la compréhension et la crédibilité des ressources de données que vous publiez
  • Suivre plus efficacement l’utilisation et la citation des données que vous publiez.

Outils d’aide à la création de data papers

GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)

Le GBIF a travaillé avec Pensoft Publishers pour développer un flux de travail générant un manuscrit de data paper en utilisant le Profil de Métadonnées du GBIF, qui est intégré à l’Integrated Publishing Toolkit (IPT). En un clic de bouton, vous pouvez télécharger les métadonnées en tant que manuscrit au format RTF prêt à être édité et soumis pour évaluation par les pairs selon les procédures normales de tout journal acceptant ce type de publication, ou au format EML également pris en charge par plusieurs outils et modèles d’aide à la rédaction.

NephilaPaper

Cet outil créé par SiBBr extrait les métadonnées de Darwin Core Archive (DwC-A), et crée un manuscrit au format RTF prêt à être édité et soumis.

ARPHA Writing Tool

Le ARPHA Writing Tool simplifie encore plus le processus de publication de data papers. Les métadonnées d’un jeu de données peuvent être téléchargées, et tout le processus de l’écriture collaborative, de faire des commentaires et de l’édition de la soumission et l’évaluation par les pairs, à la publication et à la révision de la post-publication est gérée dans un seul outil Web. Des instructions détaillées sur l’importation de métadonnées à partir des jeux de données hébergés par IPT sont disponibles. Le ARPHA Writing Tool actuellement permet la soumission directe vers la revue Biodiversity Data Journal.

Revues à comité de lecture publiant des data papers

Vous trouverez sur cette page du site GBIF.org une liste des revues dans lesquelles il est possible de soumettre un data paper.

Autres ressources sur les data papers

Dedieu, L. 2022. Publier un data paper, en 5 points. Montpellier (FRA) : CIRAD, 5 p. https://doi.org/10.18167/coopist/0057

Exemples de data papers

Vous trouverez ci-dessous une liste de data papers décrivant des jeux de données de biodiversité, dont au moins un auteur est affilié à une institution française. La liste exhaustive est disponible ici :

2024
  • Haderlé, R., Bouveret, L., Chazal, J., Girardet, J., Iglésias, S., Lopez, P., Millon, C., Valentini, A., Ung, V., & Jung, J. (2024). eDNA-based survey of the marine vertebrate biodiversity off the west coast of Guadeloupe (French West Indies). Biodiversity Data Journal, 12, Art. e125348. https://doi.org/10.3897/bdj.12.e125348
  • Pozsgai, G., Lhoumeau, S., Amorim, I. R., Boieiro, M., Cardoso, P., Costa, R., Ferreira, M. T., Leite, A., Malumbres-Olarte, J., Oyarzabal, G., Rigal, F., Ros-Prieto, A., Santos, A. M. C., Gabriel, R., & Borges, P. a. V. (2024). The BALA project: A pioneering monitoring of Azorean forest invertebrates over two decades (1999–2022). Scientific Data, 11(1) https://doi.org/10.1038/s41597-024-03174-7
  • Gabriel, R., Morgado, L. N., Borges, P. a. V., Coelho, M. C. M., Aranda, S. C., Henriques, D. S. G., Sérgio, C., Hespanhol, H., Pereira, F., Sim-Sim, M., & Ah-Peng, C. (2024). The MOVECLIM – AZORES project: Bryophytes from Pico Island along an elevation gradient. Biodiversity Data Journal, 12, Art. e117890. https://doi.org/10.3897/BDJ.12.e117890
  • Brown, G. G., Demetrio, W. C., Gabriac, Q., Pasini, A., Korasaki, V., Oliveira, L. J., Santos, J. C. F. D., Torres, E., Galerani, P. R., Gazziero, D. L. P., Benito, N. P., Nunes, D. H., Santos, A., Ferreira, T., Nadolny, H. S., Bartz, M. L. C., Maschio, W., Dudas, R. T., Zagatto, M. R. G., . . . Mathieu, J. (2024). Soil macrofauna communities in Brazilian land-use systems. Biodiversity Data Journal, 12, Art. e115000. https://doi.org/10.3897/BDJ.12.e115000
2023
  • Schmider-Martínez, A., Maturana, C., Poveda, Y., Rosenfeld, S., López-Farrán, Z., Saucède, T., Poulin, E., & González-Wevar, C. (2023). Laevilacunaria (Mollusca, Gastropoda) in the Southern Ocean: A comprehensive occurrence dataset. Biodiversity Data Journal, 11 Art. e111982. https://doi.org/10.3897/BDJ.11.e111982
  • Sukkanon, C., Suwonkerd, W., Thanispong, K., Saeung, M., Jhaiaun, P., Pimnon, S., Thongkhao, K., Manguin, S., & Chareonviriyaphap, T. (2023). Distribution of mosquitoes (Diptera: Culicidae) in Thailand: a dataset. Gigabyte, 2023, 1–7. https://doi.org/10.46471/gigabyte.90
  • Lacoeuilhe, A., Percevault, L., Ichter, J., Gourdain, P., Herard, K., Michaud, H., Poncet, L., Ramage, T., Roquinarc’h, O., & Withers, P. (2023). All taxa biodiversity inventory of the Bois de Bouis estate (Var, France): a 10-year public-private partnership. Biodiversity Data Journal, 11, Art. 103280. https://doi.org/10.3897/bdj.11.e103280
2022
  • Pradel, J., Bouilloud, M., Loiseau, A., Piry, S., Galan, M., Artige, E., Castel, G., Ferrero, J., Gallet, R., Thuel, G., Vieira, N., & Charbonnel, N. (2022). Small terrestrial mammals (Rodentia and Soricomorpha) along a gradient of forest anthropisation (reserves, managed forests, urban parks) in France. Biodiversity Data Journal, 10, Art. e95214. https://doi.org/10.3897/bdj.10.e95214
  • Woods, B., Trebilco, R., Walters, A., Hindell, M., Duhamel, G., Flores, H., Moteki, M., Pruvost, P., Reiss, C., Saunders, R. A., Sutton, C., Gan, Y., & Van De Putte, A. (2022). Myctobase, a circumpolar database of mesopelagic fishes for new insights into deep pelagic prey fields. Scientific Data, 9(1) Art. 404. https://doi.org/10.1038/s41597-022-01496-y
  • Claudel, M., Lerigoleur, E., Brun, C., & Guillerme, S. (2022). Geohistorical dataset of ten plant species introduced into Occitania (France). Biodiversity Data Journal, 10, Art. e76283 https://doi.org/10.3897/bdj.10.e76283
2021
  • Coché, L., Arnaud, E., Bouveret, L., David, R., Foulquier, E., Gandilhon, N., Jeannesson, E., Bras, Y. L., Lerigoleur, E., Lopez, P. J., Madon, B., Sananikone, J., Sèbe, M., Berre, I. L., & Jung, J. (2021). Kakila database: Towards a FAIR community approved database of cetacean presence in the waters of the Guadeloupe Archipelago, based on citizen science. Biodiversity Data Journal, 9, Art. e69022. https://doi.org/10.3897/bdj.9.e69022
  • Katz, L., Sirjacobs, D., Gobert, S., Lejeune, P., & Danis, B. (2021). Distribution of macroalgae in the area of Calvi (Corsica). Biodiversity Data Journal, 9, Art. e68249. https://doi.org/10.3897/bdj.9.e68249
  • Borges, P. a. V., Nunes, R., Lamelas-López, L., Pereira, E., Costa, R., Monjardino, P., Lopes, D. H., Soares, A. O., Gil, A., Rigal, F., Ferrante, M., & Lövei, G. L. (2021). Monitoring Arthropods in Azorean Agroecosystems: the project AGRO-ECOSERVICES. Biodiversity Data Journal, 9, Art. e77548. https://doi.org/10.3897/bdj.9.e77548
2020
  • Nicolai, A., Guernion, M., Guillocheau, S., Hoeffner, K., Gouar, P. L., Ménard, N., Piscart, C., Vallet, D., Hervé, M., Benezeth, E., Chedanne, H., Blémus, J., Vernon, P., Cylly, D., Hotte, H., Loïs, G., Mai, B., Perez, G., Ouisse, T., . . . Supper, R. (2020). Transdisciplinary Bioblitz: Rapid biotic and abiotic inventory allows studying environmental changes over 60 years at the Biological Field Station of Paimpont (Brittany, France) and opens new interdisciplinary research opportunities. Biodiversity Data Journal, 8, Art. e50451. https://doi.org/10.3897/bdj.8.e50451
  • Malavin, S., Shmakova, L., Claverie, J., & Rivkina, E. (2020). Frozen Zoo: a collection of permafrost samples containing viable protists and their viruses. Biodiversity Data Journal, 8, Art. e51586. https://doi.org/10.3897/bdj.8.e51586
  • Ropert-Coudert, Y., Van De Putte, A. P., Reisinger, R. R., Bornemann, H., Charrassin, J., Costa, D. P., Danis, B., Hückstädt, L. A., Jonsen, I. D., Lea, M., Thompson, D., Torres, L. G., Trathan, P. N., Wotherspoon, S., Ainley, D. G., Alderman, R., Andrews-Goff, V., Arthur, B., Ballard, G., . . . Hindell, M. A. (2020). The retrospective analysis of Antarctic tracking data project. Scientific Data, 7(1), Art. 94 https://doi.org/10.1038/s41597-020-0406-x

Présentation vidéo des data papers