Portails

INPN/SINP/OpenObs

Plateforme de référence sur l’état et la conservation de la biodiversité et de la géodiversité française, en métropole et outre-mer, le portail de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN) diffuse et valorise les données sur les espèces (faune, flore, fonge), les habitats, les espaces protégés et le patrimoine géologique.

Le SINP (Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel) a pour mission de structurer les connaissances sur la biodiversité (incluant les espèces de la faune, de la flore et de la fonge) ainsi que sur les habitats naturels ou semi-naturels, mais aussi sur la géodiversité. L’objectif est de rendre ces connaissances accessibles à tous. Le SINP couvre l’ensemble du territoire national, métropole et outre-mer, et englobe les domaines terrestre, aquatique et marin.

Les données ainsi partagées, sous forme structurée, sont particulièrement utiles pour l’élaboration et le suivi des politiques publiques, la prise de décision démocratique, ainsi que pour les rapportages européens concernant l’état des populations et des écosystèmes.

OpenObs est l’outil qui assure les fonctions de diffusion de données de la plateforme nationale du SINP. En cela, il répond au projet de « Requêteur National sur les données biodiversité » qui a pour objet la mise en place d’un outil web d’interrogation multicritères permettant la visualisation, l’exploration, la validation et le téléchargement de données d’observation d’espèces.

Recolnat

Le Réseau national des collections naturalistes (RECOLNAT) est une infrastructure de recherche (IR) dédiée à la gestion et à la valorisation des collections d’histoire naturelle à travers la recherche scientifique. Depuis 2016, RECOLNAT est inscrit sur la feuille de route des infrastructures du ministère de la Recherche (MESRI). Sa mission principale est de produire et de rendre accessible un vaste ensemble de données au service de l’étude de la biodiversité et de la géodiversité, tant actuelle que passée.

Lancé en 2013 dans le cadre du programme d’investissement d’avenir e-ReColNat (ANR-11-INBS-0004), RECOLNAT propose un portail qui donne accès à près de 11 millions d’images accompagnées de leurs données complémentaires, issues de plus de 80 institutions en France, incluant les territoires d’Outre-mer. Ce corpus de données est également enrichi grâce au programme de sciences participatives Les Herbonautes, où une communauté de plus de 4 000 contributeurs aide à constituer des ensembles de données pour des projets de recherche spécifiques. En outre, RECOLNAT propose des outils destinés aux chercheurs travaillant sur les répliques numériques des collections. Par exemple, l’outil Annotate, une sorte de « paillasse virtuelle », permet d’effectuer des mesures et des annotations morphométriques sur des images numériques, et d’exporter ces données dans des tableaux structurés.

Depuis 2020, le réseau a renforcé son organisation et élargi ses objectifs avec l’ambition de structurer les communautés liées à l’histoire naturelle en France. Sous forme de groupement d’intérêt scientifique (GIS), RECOLNAT vise à créer un réseau scientifique d’excellence en réunissant les experts du domaine et en harmonisant les pratiques liées aux collections naturalistes. Muséums, universités et instituts de recherche collaborent ainsi pour offrir un accès enrichi et optimisé aux collections et aux données associées. Dans cette optique, RECOLNAT soutient la politique de l’open data et s’aligne sur les principes FAIR (facile à trouver, accessible, interopérable, réutilisable). Piloté par le Muséum national d’histoire naturelle, RECOLNAT sert également de point de contact français pour l’infrastructure européenne DiSSCo (Distributed Systems of Scientific Collections).

Entrepôts

Le GBIF est considéré comme un entrepôt de confiance par le Comité pour la Science Ouverte. En plus du GBIF, pour les données de biodiversité, les entrepôts listés ci-dessous peuvent correpondre à vos attentes.

Sélectionner un entrepôt thématique de confiance pour le dépôt de données : méthodologie et analyse de l’offre existante

InDoRES

Placée sous la responsabilité de l’Institut Écologie et Environnement, du CNRS et du Muséum national d’Histoire naturelle, la plateforme InDoRES propose plusieurs services :

• Permettre de découvrir diverses bases et jeux de données grâce à une présentation détaillée des projets qui les génèrent. Ce catalogue de métadonnées, standardisé et interopérable, est conçu pour répondre aux directives européennes. Lorsque cela est possible, des liens sont fournis pour accéder aux données téléchargeables ou aux publications associées.
• Donner accès à l’entrepôt sécurisé data.InDoRES, permettant aux chercheurs de publier leurs données.
• Réunir et orienter vers une sélection de ressources dédiées aux bonnes pratiques qui favorisent le partage et la réutilisation des données, en accord avec les principes FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables, Réutilisables).

DataSuds

L’entrepôt de données DataSuds offre aux scientifiques de l’IRD et à leurs partenaires un service destiné à diffuser, préserver et valoriser leurs données de recherche, tout en facilitant leur identification et leur citation. Il s’inscrit comme un élément clé du dispositif de la science ouverte pour le Sud, soutenu par l’IRD.

Recherche Data Gouv

Recherche Data Gouv est un écosystème conçu par et pour les établissements de l’enseignement supérieur et de la recherche. Il vise à accompagner les chercheurs dans la gestion, le partage et l’ouverture de leurs données de recherche, contribuant ainsi à une science plus cumulative et accessible à tous.

Catalogues

PNDB

Le Pôle National de Données de Biodiversité (PNDB)) est une infrastructure de recherche virtuelle & un centre de références thématiques, pour et par la communauté de Recherche, proposant des outils et services pour la compréhension, le partage et l’utilisation des (meta)données de biodiversité.

SIB

Le Système d’information sur la biodiversité (SIB) est un dispositif conçu pour rassembler et centraliser les données provenant de 31 politiques publiques liées aux enjeux de la biodiversité. Chaque politique est associée à son propre système d’information, appelé “Système d’information métier”. Parmi ces systèmes figurent, par exemple, le Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP), celui de la CITES, ou encore celui de Natura 2000.

Cat InDoRES

Cat.InDoRES est un catalogue de métadonnées partagé, qui regroupe à la fois les fiches d’InDoRES et celles des réseaux des Observatoires Hommes-Milieux (OHM - LabEx DRIIHM) ainsi que des Zones Ateliers (RZA - eLTER). Ce catalogue propose des métadonnées standardisées pour faciliter la découverte de jeux et bases de données. Le projet bénéficie du soutien du Muséum national d’Histoire naturelle et de l’Institut Écologie et Environnement du CNRS.

Catalogue de Recherche Data Gouv

Recherche Data Gouv possède aussi un catalogue, diponible ici